补充材料

隐窝间杯状细胞亚群对结肠黏液屏障功能至关重要

伊丽莎白E. L. Nyström, Beatriz Martinez-Abad, Liisa Arike, George M. H. Birchenough, Eric B. Nonnecke, Patricia A. Castillo, Frida Svensson, Charles L. Bevins, Gunnar C. Hansson, Malin E. V. Johansson

材料/方法,补充文本,表格,图表和/或参考文献

下载补充
  • 材料和方法
  • 无花果。S1, S14系列
  • 表S1和S8到S10
  • 表S2到S7的标题
  • 电影S1到S3的字幕
  • 参考文献
表S2
远端结肠(DC)和远端小肠(Si8)中杯状细胞(GC)基因与非GC群体相比的折叠变化。lfcSE: log fold change Standard Error;统计:瓦尔德统计;pvalue:未经调整的假定值;padj:假定值调整。
表S3
远端小肠(Si8)和远端结肠(DC)中非杯状细胞(non-GC)和杯状细胞(GC)样品的蛋白质无标记定量(LFQ)值。
表S4
使用Seurat在远端结肠(DC)和远端小肠(Si8)的杯状细胞(GCs)中差异表达基因。Avg_logFC:折痕变化的平均表达式。Pct.1/2:与其余聚类相比,每个聚类中每个标记物的阳性细胞百分比。P_val和p_val_adj:未调整和调整的p值。
表S5
利用Scanpy技术在远端结肠(DC)和远端小肠(Si8)的杯状细胞(GCs)中差异表达基因。Avg_logFC:折痕变化的平均表达式。P_val和p_val_adj:未调整和调整的p值。
表S6
在结肠远端,非典型杯状细胞(GCs)(簇2和簇8)和典型杯状细胞(簇1、簇3、簇5和簇7)之间差异表达基因;在表面gc(簇7和簇8)和隐窝gc(簇1、簇2、簇3和簇5)之间;以及标准表面gc(簇7)和所有其他非增殖gc(簇1、2、3、5和8)之间。Avg_logFC:折叠变化的平均表达式。Pct.1/2:一个群体中某一标记阳性细胞与其他群体相比的百分比。P_val和p_val_adj:未调整和调整的p值。
表S7
的远端结肠(DC)杯状细胞(GC)基因的折叠变化Spdef -/-小鼠与WT. lfcSE的比较:log fold change Standard Error;统计:瓦尔德统计;pvalue:未经调整的假定值;padj:假定值调整。
MDAR再现性检查表

图像、视频和其他媒体

电影S1
图5A、B视频;斜切器上下移动,通过凝集素染色的WT结肠黏液的3D z-堆栈体外。UEA1(红色),WGA(灰色)和组织(蓝色)。
电影S2
图8H视频;斜切器上下移动,通过凝集素染色的对照组患者(黏液缺陷评分0)乙状结肠黏液的3D z-堆栈体外。绿色为LTL,灰色为WGA,红色为LEL,蓝色为tissue。
电影S3
图S14G视频;斜切器上下移动通过UC患者乙状结肠黏液的3D z堆栈(黏液缺陷评分4),凝集素染色体外。绿色为LTL,灰色为WGA,红色为LEL,蓝色为tissue。